培訓時間：2024 年 7 月 10-17 日
培訓地點：5206 會議室
培訓人員：全體科研工作者
培訓內(nèi)容：2024 伯豪時空組學前沿技術系列培訓班
主辦單位：上海伯豪生物技術有限公司 / 上海伯豪生物技術有限公司企業(yè)科協(xié)
指導單位：浦東新區(qū)科協(xié)
議程表
7 月 10 日 | 單細胞、空轉、質控技術介紹 | 單細胞技術、空間轉錄組技術講解和應用 |
Agilent2100、4200 的原理及上機演示 | ||
7 月 11 日 | R 語言概念及基礎知識·數(shù)據(jù)簡單操作 | R,Rstudio 安裝，R 基礎，R 包安裝 |
7 月 12 日 | 單細胞基礎分析 | 單細胞 Seurat 分析流程（Seurat 介紹和安裝，單細胞數(shù)據(jù)載入和質控過濾，數(shù)據(jù)標準化和歸一化，去批次和降維聚類，marker 基因鑒定） |
細胞類型注釋 | singleR 細胞類型注釋，SCINA 半監(jiān)督細胞類型注釋 | |
7 月 13 日 | 數(shù)據(jù)可視化 | Seurat 中的數(shù)據(jù)可視化，基于 Seurat 對象使用 ShinyCell 自動化生成網(wǎng)頁報告 Spatialfeatureplot、SpatialDimPlot、選取特定樣本 |
7 月 14 日 | 單細胞高級分析 | monocle2 擬時序分析，cellchat 細胞通訊分析 |
SCENIC 單細胞轉錄因子分析，GSVA 基因集變異分析 | ||
7 月 15 日 | 空間轉錄組基礎分析 | 數(shù)據(jù)標準化和歸一化，數(shù)據(jù)批次矯正和降維聚類 |
7 月 16 日 | 云生信 | 單組胞云流程（使用、注意事項、參數(shù)調(diào)整等） 生信小工具（作圖工具、單細胞數(shù)據(jù)分析小工具） |
7 月 17 日 | 空轉高級分析 | 空間轉錄組細胞類型映射：RCTD，CELLTREK，MIA |
切片上展示細胞互作 -stlearn | ||
空間 CNV 分析 -siCNV | ||
hdwgcna: 空間轉錄組 WGCNA 分析 | ||
腫瘤免疫浸潤分析：xcell&cibersort |
培訓講師介紹
侯睿
伯豪生物 CTO
中國醫(yī)藥生物技術協(xié)會基因檢測分會青年委員。畢業(yè)于中國海洋大學遺傳學專業(yè)，曾參與多項國家“863”計劃項目和國家自然科學基金項目，發(fā)表 SCI 論文 8 篇。在基因組學、生物信息學領域經(jīng)過 10 多年的專業(yè)積累，精通高二代測序和基因芯片技術的應用及數(shù)據(jù)分析，具有豐富項目經(jīng)驗。
張志鵬
博士 伯豪生物項目拓展經(jīng)理
參與 CRISPR 診斷相關課題設計及專利申請 10 余項，具有 IVD 和 LDT 產(chǎn)品開發(fā)及市場策劃經(jīng)驗；擅長單細胞多組學和空間轉錄組測序數(shù)據(jù)分析挖掘；參與發(fā)表 SCI 論文 6 篇（其中第一作者 2 篇）。
趙瑩
上海伯豪生物技術有限公司實驗室總監(jiān)
畢業(yè)于清華大學，曾參與多項國家“863”計劃項目和國家自然科學基金項目，發(fā)表論文 3 篇，授權發(fā)明專利 4 項。在基因組學、細胞生物學等領域有 10 年的專業(yè)積累，對樣本處理、二代測序、時空組學技術等生物學技術有著豐富的項目經(jīng)驗。
孟憲欣
高級工程師 上海伯豪生物技術有限公司產(chǎn)品中心副總經(jīng)理
畢業(yè)于遼寧師范大學，曾參加多項國家科技部“863”項目、國家自然科學基金項目和上海市科委項目，發(fā)表論文 8 篇，發(fā)明專利 1 項。在科技產(chǎn)品研發(fā)上有豐富的經(jīng)驗，帶領團隊開發(fā)了 20 余種產(chǎn)品，涉及樣本保存、提取，外泌體分離，單細胞核分離，微量樣本擴增，甲基化檢測等方面。
車王
伯豪生物產(chǎn)品經(jīng)理
畢業(yè)于日本廣島大學分子細胞情報學專業(yè)。對于研究分子，細胞相關的各類儀器和技術方法都有深入的了解。目前于伯豪生物擔任單細胞測序相關儀器試劑的產(chǎn)品經(jīng)理一職。
王亮
伯豪生物產(chǎn)品線總監(jiān)
畢業(yè)于華中農(nóng)業(yè)大學，曾參與多項國家“863”計劃項目和國家自然科學基金項目，發(fā)表論文 3 篇，其中包括參與瑞金醫(yī)院的研究項目，成果發(fā)表在 brain（IF>11）上，楊樹空間轉錄組研究項目，成果發(fā)表在 Molecular Plant（IF=27.5）。在基因組學、生物信息學領域經(jīng)過 7 年的專業(yè)積累，精通高二代測序和基因芯片技術的應用及數(shù)據(jù)分析，在非編碼 RNA 的功能、單細胞測序、空間轉錄組學大數(shù)據(jù)挖掘等方向有豐富的項目經(jīng)驗。
董美辰
上海伯豪產(chǎn)品經(jīng)理
主要負責 Olink 蛋白組學以及空間轉錄組學相關技術的應用與支持工作。曾參與多項國家自然科學基金項目，具有豐富的實驗端經(jīng)驗及多項研究的數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗，擅長單組學及多組學聯(lián)合應用方向的數(shù)據(jù)挖掘與方案設計。
張玉娟
伯豪生物產(chǎn)品經(jīng)理
畢業(yè)于華中農(nóng)業(yè)大學，從事基礎醫(yī)學相關研究，曾參與多項國家自然科學基金項目，熟悉基礎科研熱點，具有豐富的 SCI 思路設計及數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗。擅長單細胞轉錄組及多組學聯(lián)合應用方向的方案設計與數(shù)據(jù)挖掘。
李寧
伯豪生物產(chǎn)品經(jīng)理
畢業(yè)于同濟大學，在基因組測序、基因芯片領域 8 年多的積累，精通二代測序和基因芯片技術的應用及分析，協(xié)助客戶進行方案設計與數(shù)據(jù)分析，腫瘤、遺傳病等相關項目經(jīng)驗豐富。
王 昭
上海伯豪生物技術有限公司技術支持經(jīng)理
東北農(nóng)業(yè)大學細胞生物學專業(yè)，曾任職復旦大學附屬中山醫(yī)院；主要負責課題：肝癌的靶向治療；放療聯(lián)合免疫治療對肝癌的治療效果評價，熟練掌握各種基礎研究手段。參與國家“863”項目：“動物轉基因刪除技術與育種應用研究”，參與國家“863”項目子課題：“轉錄因子介入的轉基因克隆動物研究”，參與完成國家自然科學基金，發(fā)表多篇 sci 論文，累計影響因子 IF>30，具備基礎的研發(fā)能力及技術手段。
